Nel 1565 gli Altoviti furono riabilitati, tanto che Bindo venne sepolto in Santi Apostoli (1570) e la sua tomba si trova sopra la porta d’accesso alla sagrestia. Ma ormai Cosimo I aveva già sollecitato le altre famiglie patrone a rinnovare cappelle e arredi in linea con quei dettami della Controriforma già in corso di applicazione nelle maggiori chiese cittadine. Rientra in questo programmatico rinnovamento la decorazione a marmi policromi dell’abside realizzata fra il 1573 e il 1583 da Giovanni Antonio Dosio, ove è collocato il sepolcro del vescovo Antonio Altoviti. Nella navata di sinistra si trovano, nella prima cappella la sinopia della Madonna in trono col Bambino e angeli di Paolo Schiavo, nella terza la tavola con l’Arcangelo Michele che abbatte Lucifero di Alessandro Fei del Barbiere, nella quarta l’Adorazione dei pastori di Maso da San Friano. Nella navata destra, nella seconda cappella, monumento sepolcrale di Piero del Bene, nella terza l’Immacolata Concezione di Giorgio Vasari (1541), assai danneggiata dall’alluvione del 1966. Dopo gli aggiornamenti di singole cappelle e di alcuni altari, ai primi del Settecento venne rimaneggiata l’intera chiesa sia all’interno che all’esterno. Tali modifiche sono state eliminate perlopiù nel restauro degli anni trenta del Novecento, vòlto a ripristinare l’antico aspetto romanico della chiesa. Dalla soppressa chiesa di Santa Maria della Porta, alla fine del Settecento furono trasferite in Santi Apostoli le scaglie di pietra ritenute del Santo Sepolcro, portate a Firenze, secondo un’antica tradizione, da Pazzino de’ Pazzi al ritorno dalla prima crociata del 1096. La sacra reliquia veniva usata il Sabato Santo di ogni anno per accendere il fuoco, che viene portato con grande solennità in Battistero dentro un pregevole portafuoco in rame dorato e argento. Continuando la tradizione, la mattina di Pasqua un grande carro decorato, detto il ‘Brindellone’, viene portato sul sagrato di Santa Maria del Fiore, dove si tiene la cerimonia dello ‘Scoppio del Carro’.

Situata in piazza del Limbo, dove un tempo sorgeva un cimitero per bambini morti prima di essere battezzati, la chiesa, ricordata per la prima volta nel 1075, si trovava poco fuori dalle mura cittadine della ‘cerchia antica’. Sulla facciata un’iscrizione ricorda che la chiesa sarebbe stata fondata da Carlo Magno e consacrata dall’arcivescovo Turpino, ma non ci sono prove che suffraghino tale ipotesi. L’edificio ha una struttura romanica con impianto basilicale a tre navate, di cui quella centrale absidata, con colonne in marmo verde di Prato, capitelli corinzi, mura a filaretto in pietra e copertura a capriate lignee dipinte. Ricorda le pievi del contado fiorentino, ma a differenza di queste è un edificio solenne nei suoi ornamenti in marmi bicromi e nei suoi elementi architettonici classici. Nel Trecento, il priore Ugolotto fece rinnovare la chiesa nelle forme poi reintegrate nel Novecento. Fra XV e XVI secolo, alla chiesa vennero aggiunte le cappelle laterali, poste sotto il patronato di importanti famiglie del quartiere (Carducci, Altoviti, Del Bene) e da queste poi decorate e arredate. Intorno al 1515, Benedetto da Rovezzano, su disegno di Baccio d’Agnolo, realizzò il portale esterno con l’arme degli Altoviti che lo commissionarono. Lo stemma, scolpito dallo stesso Benedetto, torna anche a fianco della chiesa, all’esterno della canonica, fatta ristrutturare probabilmente da Bindo di Antonio Altoviti (1523-1524). Il monumento sepolcrale di Oddo Altoviti, priore della chiesa dal 1490 circa al 1507, realizzato dal medesimo scultore, è fra le opere più rilevanti custodite all’interno, in fondo alla navata sinistra. In prossimità dell’opera marmorea, nella testata della stessa navata, si trova il bellissimo tabernacolo del Sacramento in terracotta invetriata di Giovanni della Robbia. Gli Altoviti rimasero a lungo generosi benefattori della chiesa; ma quando il duca Cosimo I de’ Medici condannò all’esilio l’arcivescovo Alessandro Altoviti (1553) e fece dichiarare ‘ribelle’ Bindo (1554), della fazione antimedicea, il patronato della chiesa passò ai Capitani di Parte.